João Paulo Charleaux foi vencedor do prêmio Estímulo à Cidadania no XXIII Congresso Brasileiro de Ciências da Comunicação (Abecom/Intercom) pela criação do primeiro programa de rádio nacional do Movimento Sem-Terra (MST) e vencedor dos prêmios Estímulo a Pesquisa Científica e Menção Honrosa de Destaque na categoria Grande Reportagem do IV Congresso Internacional da Federação de Ciências da Comunicação dos Países de Língua Portuguesa, por estudos acadêmicos realizados sobre radiodifusão comunitária e comunicação popular.

Como jornalista membro do Núcleo de Rádio da Oboré Projetos Especiais em Comunicações e Artes foi vencedor dos prêmios Ayrton Senna de Jornalismo e Vladimir Herzog de Anistia e Direitos Humanos.